在台灣長達五十年的日本殖民統治時代中，曾有多位日籍人類學家如鳥居龍藏、森丑之助， 以及伊能嘉矩等，在台灣進行長期的人類學研究，這其中研究成果最為豐富，影響也最深遠 的，首推伊能嘉矩。
一八九五年十一月，伊能嘉矩在來台後不久，就與同僚成立「台灣人類學會」，投入高山族 與平埔族的研究工作。在這之前，這項領域的研究幾乎是一片荒蕪，實地的田野調查自然成 了唯一的手段。
一八九七年五月底，伊能嘉矩展開了一場時間長達半年，路程近兩千公里的大考察，在這一 趟考察完成之後，伊能嘉矩寫成了厚達三百頁的《台灣番人事情復命書》，成為台灣最重要 的人類學、民族學誌之一。
在這份報告中，伊能嘉矩將台灣原住民分為八族，並將其中之一的平埔族細分為十個族群， 成為往後台灣原住民研究、分類的重要依據。
伊能嘉矩於十九世紀末在台灣全島進行探查之際，台灣原住民聚集的地域仍充滿自然及人為 的險阻，但他對於人類學研究卻仍懷抱著高度的熱情與使命感。在伊能嘉矩著作的字裡行間 ，隨處可以照見當年探查的艱辛，以及他強大的決心與意志力。
在一場演講中，他說到：「所謂番地探險，並非一朝一夕的事，即使知道部落的位置，不一 定能到達。有時候要橫渡急流深潭，通常水深及腰，有時候水深及胸，一天要涉渡十六、七 次......」而在他奉派赴台的前夕，他在一篇宣言式的「趣意書」中也寫道：「古來 許多探險家之所以能闡明前人未發之隱微，擴大知識之領域，絕非逸居於衽席之上，即可憑 空拾得此功果。......雖不幸喪生於異域，曝屍骨於沙礫，而不為人所弔者十之五六 ，然以訃音激勵後進，或以所遺留之日記助益學界，其貢獻遠勝於汗牛充棟之死書，其死全 然異於犬馬之死。」
伊能嘉矩居留在台灣的時間長達十年，返回日本後，他仍持續進行台灣研究，並且完成了包 括重要的《台灣文化志》在內的數本著作。一九二五年，伊能嘉矩因在台探查期間數度感染 的瘧疾復發而辭世，但是他對台灣人類學及文化研究的影響，卻隨著他質量俱佳的著作以及 大量的原住民收藏品而持續至今。
